En septiembre de 2013, los espeleólogos aficionados Rick Hunter y Steven Tucker entraban en el sistema de cuevas Rising Star, al noroeste de Johannesburgo, Sudáfrica, en la llamada cuna de la Humanidad, accediendo a la estrecha galería Dinaledi, a 30 metros de profundidad. En la misma encontraron más de de 1500 trozos fósiles de esqueleto, que correspondían al menos a 15 homínidos de la misma especie, y de distintas edades y sexos. A la fecha actual, es el mayor descubrimiento de restos de homínidos de una sola especie en Africa. El homínido fue bautizado, por la zona de hallazgo, como Homo naledi.
La especie fue descrita en 2015 por Lee R. Berger, de la Universidad de Witwatersrand (Johannesburgo), y sus colaboradores, a partir de los restos encontrados, publicándose en un artículo de la revista científica de acceso abierto eLIFE. Las características anatómicas de los mismos revelan que nos encontramos con una de las primeras especie del género Homo. El volumen endocraneal es de aproximadamente 500 cm³, similar al de los Australopithecus. Su estatura media era de unos 1,5 m y su peso de unos 45 kilos.
La pierna y el pie se acercan a los de los humanos actuales, pero el extremo del fémur es más cercano a los australopitecos. El mano, el pulgar es muy desarrollado y oponible, pero las falanges son largas y curvadas, para subirse a los árboles, similares los de los Australopithecus. La mano podía agarrar y manipular objetos, aunque no se ha encontrado ninguno en la cueva.
En un artículo publicado en Nature, tras un intensivo estudio de la anatomía de los huesos de la mano, se concluye que, por un lado, la mano está adaptada a un uso intensivo de la misma, pero también que los huesos de los dedos son más largos y cursos que los de la mayoría de los australopitecinos, lo que indica que Homo naledi era capaz de escalar y suspenderse de las ramas. De este estudio anatómico se concluye que tiene aptitud para crear herramientas, pero no se han encontrado entre sus restos.
La posición y relación filogenética de Homo naledi está llena de interrogantes, ya que no se ha podido realizar una datación clara de los fósiles. Francis Thackeray, de la Universidad de Witwatersrand, sostiene que Homo naledi vivió hace unos 2 millones de años, basándose en la similitud del cráneo con los de Homo rudolfensis, Homo erectus y Homo habilis, que vivieron entre 2,5 y 1,5 millones de años atrás.
En un artículo publicado en la revista Scientific American, escrito por Michael Shermer, el lugar donde se encontraron los restos de Homo naledi se trataría de un lugar de enterramiento intencionado, ya que la cueva es inaccesible y es poco habitable, y por otro lado, dada la disposición y los mismos restos, se descartaría la muerte a causa de predadores o quedar atrapados por un accidente. Todo ello indicaría una muerte debida a asesinatos, guerra (como enfrentamiento entre grupos) o sacrificio ritual. John Hawks, uno de los colaboradores de Lee R. Berger, en un artículo de su blog, es escéptico con esta posición, ya que no se han encontrado signos de violencia en los huesos. Michael Shermer volvió a responder en un otro artículo en Scientific American, sosteniendo que sus tesis de muerte violenta tiene mucho peso a juzgar por hallazgos arqueológicos de los primeros humanos.
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